폐업할 때 부가세 정산에서 헷갈리는 것 중 하나가 “의제매입세액공제(면세농산물 등) 받은 건 폐업하면 어떻게 되지?” 입니다.

핵심: 폐업 시점에 의제매입세액공제를 받았던 면세농산물 등(원재료/재고)이 남아 있다면, 그 잔존분은 더 이상 과세사업에 사용되는 것으로 보기 어려워 기존에 공제받은 의제매입세액을 일정 방식으로 ‘되돌려(가산) 정산’하는 이슈가 생길 수 있습니다.

1) 의제매입세액공제, 어떤 공제인가요?

① “면세로 산 원재료”에 대해 매입세액을 일정 비율로 인정해주는 제도

음식점업/제조업 등에서 농수산물 같은 면세농산물을 매입하면 부가세가 없어서 일반 매입세액 공제가 어렵습니다. 그래서 일정 요건을 충족하면 면세 매입가액 × 공제율로 매입세액을 계산해 공제받을 수 있는 것이 의제매입세액공제입니다.

② 공제를 받았다는 건 “나중에 목적이 바뀌면 정산”이 따라올 수 있습니다

의제매입세액공제를 받았던 면세 원재료/재고가 폐업 시점에 남아 있다면, 더 이상 과세사업에 사용되지 않는 것으로 보아 정산(가산) 이슈가 발생할 수 있습니다.

2) 폐업하면 의제매입세액공제는 어떻게 정산되나요?

① 결론: “남아있는 의제공제 대상 재고”가 있으면 정산 이슈가 생깁니다

폐업일 기준으로 의제공제 대상(면세농산물 등) 재고가 남아 있는 경우, 그 잔존분에 대응하는 의제매입세액을 정산(가산)하는 방향으로 처리되는 경우가 많습니다.

② ‘잔존재화(간주공급)’과는 포인트가 다릅니다

폐업 시 잔존재화는 일반적으로 “간주공급(재고 부가세)” 이슈가 생길 수 있고, 의제매입세액공제는 “면세 매입분을 공제해준 제도”라서 정산 방식과 포인트가 다를 수 있습니다.

3) 실무에서 계산/정리는 어떻게 준비하나요?

① 먼저 해야 할 일: 폐업일 기준 재고 파악(수량/가액)

• 폐업일 현재 남은 면세 원재료(예: 농산물, 축산물, 수산물 등) 재고 수량
• 재고 가액 산정 기준(매입가/평균단가 등)
• 해당 기간 의제공제 적용 여부 및 공제액

② 정산(가산) 리스크를 줄이는 핵심은 “증빙 + 재고 근거”

폐업 정산에서 다툼이 생기는 지점은 대부분 재고입니다. 재고가 0이라면 “왜 0인지” 흐름(소진/폐기/판매 등)을 설명할 근거가 필요합니다.

4) 폐업 시 의제매입세액공제 체크리스트 표

5) 자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 폐업하면 의제매입세액공제는 자동으로 사라지나요?

아니요. 과거 공제 내역이 있고 폐업 시점에 관련 재고가 남아 있으면 정산(가산) 이슈가 생길 수 있습니다.

Q2. 재고가 거의 없으면(다 소진) 정산도 없나요?

일반적으로 잔존분이 없으면 정산 이슈도 작아질 수 있습니다. 다만 “재고 0”을 주장하려면 소진/폐기/판매 흐름을 설명할 근거를 갖추는 게 안전합니다.

Q3. 폐업 전에 재고를 떨이로 판매하면 어떻게 되나요?

판매 자체는 가능하지만, 과세/면세 여부, 증빙(현금/카드/세금계산서), 재고 평가 방식에 따라 정산이 달라질 수 있어 거래 흐름을 문서로 남기는 것이 중요합니다.

Q4. 간이과세자도 의제매입세액공제가 되나요?

사업자 유형(간이/일반), 업종, 기간(제도/규정 적용 시점)에 따라 달라질 수 있어 본인 신고 방식과 과거 공제 여부를 먼저 확인해야 합니다.

6) 마무리: 폐업 시 의제공제는 “재고(잔존분) 정리”가 핵심

폐업 부가세 정산에서 의제매입세액공제는 결국 폐업일 기준 재고가 남아 있는지, 남아 있다면 얼마나 남았는지(가액)가 핵심입니다.

공제 내역이 있거나 재고가 남아 있다면, 폐업 신고 전에 재고 리스트 + 매입증빙 + 정산 근거를 먼저 준비해두면 리스크를 크게 줄일 수 있습니다.

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※ 본 글은 일반 정보 제공 목적이며, 실제 적용은 업종/사업자 유형/증빙 보유 여부/재고 평가 방식/세법 해석에 따라 달라질 수 있습니다. 폐업 정산은 관할 세무서 또는 세무전문가 상담을 권장합니다.